Pago de incapacidades en Colombia: quién responde según el origen y la duración

CIRCULAR INFORMATIVA – NBA ASESORES

Cuando un trabajador se incapacita por enfermedad o accidente, no siempre es claro quién debe pagar esos días. A continuación explicamos cuándo le corresponde asumir el pago al empleador, a la EPS o a la ARL, con respaldo normativo vigente.

Marco normativo esencial

• CST, Artículo 227: define cómo se pagan las incapacidades temporales.

• Ley 776 de 2002 y su reglamentación: regulación sobre riesgos laborales y enfermedades profesionales.

• Decreto 780 de 2016: normas de reconocimiento, pago y prórroga de incapacidades.

• Concepto jurídico del Ministerio de Salud, radicado No. 202411601359171 de 2024, que aclara algunos detalles sobre quién asume las cotizaciones y el pago.

¿Quién paga según el tipo de incapacidad?

Tipo de incapacidad	Duración / momentos clave	Entidad responsable del pago	% del salario que se reconoce
Incapacidad por enfermedad común (origen no laboral)	Días 1 y 2	Empleador (directamente al trabajador)	100 % del salario normal (estos días completos)
	Desde el día 3 hasta el día 90	EPS	66.66 % del salario base de cotización
	Después del día 90 hasta el día 180	EPS	50 % del salario base de cotización
Incapacidad por accidente de trabajo o enfermedad laboral	Desde el primer día	ARL (Administradora de Riesgos Laborales)	100 % del salario base de cotización lesiones o enfermedad profesional

Obligaciones del empleador

• Reconocer la incapacidad al trabajador, aunque el pago inicial pueda ser asumido luego por EPS o ARL.

• Mantener vigente el contrato de trabajo durante incapacidad temporal; la incapacidad no suspende el contrato.

• Tramitar los documentos necesarios: certificado médico, reporte ante EPS o ARL, permisos según el caso.

• Si el empleador anticipa el pago de días que corresponden a la EPS o ARL, puede recobrar esos valores según lo regulado.

Aspectos adicionales relevantes

• En algunos casos, si la incapacidad temporal se prolonga más allá de los 180 días, se evalúa la posibilidad de una pensión por invalidez.

• Las incapacidades deben tener certificado médico autorizado; si no, puede negarse el reconocimiento del pago por EPS/ARL.

• El trabajador independiente sin afiliación o con afiliación defectuosa puede quedar sin cobertura, lo que implica responsabilidad directa del empleador si hay vínculo laboral.

El manejo del pago de incapacidades en Colombia depende del origen de la incapacidad (común o laboral) y de cuántos días dure. El empleador tiene deberes de reconocimiento, pago inicial y conservación del contrato, mientras que la EPS o ARL asumen responsabilidades según los escenarios legales. Conocer estos criterios reduce riesgos legales y evita conflictos laborales.

En NBA Asesores le acompañamos en la correcta implementación de estos procedimientos para su empresa, con asesoría clara, actualizada y alineada con la normativa colombiana vigente.

📩 Contáctenos para apoyo jurídico-laboral especializado.

NBA asesores

Somos compañía para tu compañía