Incapacidades por Enfermedad en Colombia: Lo Que Deben Revisar Empleadores, Empresas y Trabajadores para Evitar Errores en Pagos y Trámites

Informe Ejecutivo

La incapacidad médica no es un permiso laboral común. Es un certificado expedido por un profesional de la salud que justifica que una persona no puede trabajar temporalmente por razones médicas y que activa efectos laborales, económicos y de seguridad social.

Para las empresas, el manejo correcto de una incapacidad exige identificar su origen, validar el certificado, determinar quién asume el pago, reportar oportunamente la novedad y evitar decisiones laborales que puedan interpretarse como discriminatorias.

En términos generales, cuando la incapacidad es de origen común, intervienen el empleador, la EPS y, en incapacidades prolongadas, el fondo de pensiones o la EPS según el tiempo acumulado y las condiciones normativas. Cuando la incapacidad proviene de una enfermedad laboral o accidente de trabajo, la responsable económica es la ARL.

También es importante precisar que la Circular Interna 0120 de 2025 del Ministerio del Trabajo, citada en algunos análisis sobre estabilidad laboral reforzada, fue derogada por la Circular 123 de 2025. Sin embargo, esa derogatoria no autoriza a los empleadores a terminar contratos de personas con estabilidad laboral reforzada sin autorización previa cuando esta sea exigible. La Circular 123 mantiene que las actuaciones deben regirse por el marco constitucional, legal y jurisprudencial vigente.

Informe Técnico

Qué Es una Incapacidad y por Qué No Debe Tratarse como un Permiso Común

La incapacidad por enfermedad es el soporte médico que acredita que un trabajador no puede prestar sus servicios de manera temporal por razones de salud.

Desde el punto de vista empresarial, su importancia está en que:

• Justifica la ausencia del trabajador.

• Sustituye temporalmente el salario por una prestación económica.

• Activa obligaciones de trámite ante EPS, ARL o fondo de pensiones.

• Exige manejo documental adecuado.

• Puede tener efectos frente a estabilidad laboral reforzada cuando existe una condición de salud relevante.

Por eso, la incapacidad debe tratarse como una novedad laboral y de seguridad social, no como una simple ausencia ni como un permiso ordinario.

Clases De Incapacidad Según Su Origen

En Colombia, la incapacidad puede tener principalmente dos orígenes:

Tipo De Incapacidad	Cuándo Aplica	Responsable Económico Principal
Enfermedad Común	Enfermedades, cirugías, infecciones o accidentes que no tienen relación con el trabajo.	Empleador, EPS y eventualmente fondo de pensiones o EPS, según la duración.
Enfermedad Laboral o Accidente De Trabajo	Enfermedades o lesiones causadas por el trabajo o con ocasión del trabajo.	ARL.

La correcta clasificación del origen es fundamental. Un error en este punto puede generar pagos mal aplicados, recobros rechazados, conflictos con el trabajador o contingencias laborales.

Quién Paga la Incapacidad por Enfermedad Común

Para trabajadores dependientes, la regla general de reconocimiento económico de la incapacidad de origen común es la siguiente:

Periodo De Incapacidad	Responsable	Valor General De Referencia
Día 1 y día 2	Empleador	Prestación económica a cargo del empleador.
Día 3 al día 90	EPS	66,66% del salario o ingreso base de cotización.
Día 91 al día 180	EPS	50% del salario o ingreso base de cotización.
Día 181 al día 540	Fondo de pensiones	Reconocimiento mientras se analiza rehabilitación o eventual invalidez, según el caso.
Más de 540 días	EPS, bajo supuestos normativos	Procede en los eventos previstos por la regulación aplicable.

El Ministerio de Justicia resume que los dos primeros días están a cargo de la empresa; desde el tercer día interviene la EPS; hasta el día 90 se reconoce el 66,66%; después del día 90, el 50%; y a partir del día 180 interviene el fondo de pensiones para efectos de evaluación de rehabilitación o posible invalidez.

Adicionalmente, el Decreto 780 de 2016, modificado por el Decreto 1427 de 2022, exige para el reconocimiento de incapacidades de origen común que el trabajador esté afiliado como cotizante, haya cotizado al menos cuatro semanas inmediatamente anteriores al inicio de la incapacidad y cuente con certificado expedido por la red de la EPS o validado por esta.

Qué Ocurre Cuando la Incapacidad Es De Origen Laboral

Cuando la incapacidad deriva de un accidente de trabajo o de una enfermedad laboral, la responsable económica es la ARL.

La Ley 776 de 2002 establece que el afiliado con incapacidad temporal tiene derecho a un subsidio equivalente al 100% de su salario base de cotización, calculado desde el día siguiente al accidente de trabajo y hasta la rehabilitación, readaptación, curación o definición de una incapacidad permanente, invalidez o muerte.

En estos casos, la empresa debe revisar que el evento haya sido reportado correctamente, que exista trazabilidad del accidente o enfermedad laboral y que el trámite ante la ARL se adelante de manera oportuna.

Qué Debe Hacer el Trabajador

El trabajador incapacitado debe actuar con diligencia y buena fe. En la práctica, debe:

• Informar oportunamente al empleador sobre la incapacidad.

• Entregar el certificado médico correspondiente.

• Cumplir las recomendaciones, restricciones y tratamientos ordenados.

• Asistir a controles, exámenes y valoraciones médicas.

• Evitar actividades incompatibles con la incapacidad prescrita.

El certificado debe ser expedido por médico u odontólogo tratante inscrito en el Registro Especial de Talento Humano en Salud, o por profesional autorizado conforme a la regulación vigente.

Incapacidades Expedidas por Médico Particular

Una incapacidad emitida por un médico particular puede tener efectos, pero para su reconocimiento económico normalmente debe ser validada por la EPS o entidad adaptada.

El Decreto 1427 de 2022 señala que la incapacidad expedida por un profesional no adscrito a la red de la EPS debe ser validada por la entidad a la cual se encuentra afiliado el cotizante. Para ello, la presentación debe realizarse dentro de los quince días siguientes a su expedición y debe acompañarse de la epicrisis o resumen de atención, según corresponda.

Si la incapacidad fue expedida en el exterior, debe legalizarse o apostillarse, acompañarse de historia clínica o epicrisis y traducirse al español por traductor oficial cuando sea necesario. En estos casos, el aportante cuenta con seis meses desde la fecha en que se originó la incapacidad para solicitar la validación ante la EPS.

Efectos Frente a Vacaciones, Contrato y Seguridad Social

Si durante el periodo de vacaciones se expide una incapacidad de origen común, las vacaciones se interrumpen por el tiempo que dure la incapacidad y se reanudan al día siguiente de su finalización.

Durante la incapacidad, la relación laboral no debe manejarse como una ausencia injustificada. La empresa debe conservar los soportes, reportar la novedad correspondiente y revisar la continuidad de los aportes al sistema de seguridad social conforme al caso concreto.

Desde el enfoque empresarial, esto exige coordinación entre talento humano, nómina, contabilidad y seguridad y salud en el trabajo.

Riesgos Para Las Empresas

Un manejo inadecuado de incapacidades puede generar riesgos como:

• Pago incorrecto de prestaciones económicas.

• Pérdida de oportunidad para recobros ante EPS o ARL.

• Reportes incompletos en nómina o seguridad social.

• Conflictos con el trabajador por ausencias mal calificadas.

• Riesgos de despido discriminatorio.

• Reintegros, indemnizaciones o reclamaciones judiciales cuando exista estabilidad laboral reforzada.

Por ello, las incapacidades deben tener un procedimiento interno claro, con responsables definidos y trazabilidad documental.

Despido De Trabajadores Incapacitados o Con Condiciones De Salud

Una incapacidad no convierte al trabajador en inamovible de manera absoluta.

Sin embargo, la empresa no debe terminar un contrato por razón de la enfermedad, incapacidad o condición de salud.

Cuando exista una condición médica que active estabilidad laboral reforzada o una situación de debilidad manifiesta, la terminación del vínculo puede requerir autorización previa del Ministerio del Trabajo, además de una causa objetiva, verificable y no discriminatoria.

Aunque la Circular Interna 0120 de 2025 fue derogada por la Circular 123 de 2025, el Ministerio del Trabajo precisó que dicha derogatoria no habilita a los empleadores para terminar contratos de trabajadores con estabilidad laboral reforzada sin autorización previa. Durante el proceso de revisión interna, las actuaciones deben regirse por el marco constitucional, legal y jurisprudencial vigente.

Recomendaciones Prácticas Para Las Empresas

Desde NBA Asesores S.A.S. recomendamos a las empresas:

• Clasificar correctamente el origen de la incapacidad.

• Verificar que el certificado cumpla los requisitos formales.

• Confirmar si la incapacidad proviene de la red de la EPS o requiere validación.

• Reportar oportunamente novedades de nómina y seguridad social.

• Hacer seguimiento a incapacidades prolongadas.

• Solicitar conceptos de rehabilitación cuando corresponda.

• Documentar restricciones, recomendaciones médicas y posibles reubicaciones.

• Evitar decisiones de terminación contractual sin análisis jurídico previo.

• Capacitar a talento humano y nómina sobre el manejo de incapacidades.

La incapacidad debe gestionarse con rigor técnico, sensibilidad laboral y control documental. Una empresa que actúa de manera preventiva reduce contingencias y protege tanto sus intereses como los derechos del trabajador.

Conclusión

La incapacidad por enfermedad en Colombia protege al trabajador mientras no puede laborar por razones de salud, pero también exige a las empresas una gestión ordenada, técnica y oportuna.

Si la incapacidad es de origen común, intervienen el empleador, la EPS y eventualmente el fondo de pensiones o la EPS según la duración. Si es de origen laboral, la responsable económica es la ARL.

Para los empleadores, el mensaje es claro: una incapacidad no debe tratarse como una ausencia injustificada ni como un trámite menor. Su manejo adecuado requiere validación documental, control de pagos, seguimiento de seguridad social y especial cuidado frente a decisiones laborales que puedan afectar a trabajadores con condiciones de salud protegidas.

En NBA Asesores S.A.S. acompañamos a las empresas en la interpretación y aplicación de estas reglas, ayudándolas a tomar decisiones laborales y administrativas con criterio técnico, preventivo y empresarial.

Cordialmente,

NBA Asesores S.A.S.

Somos compañía para tu compañía.